Update Bioinformatica project

Zoals bekend is dr. Friederike Ehrhart als onderzoeker verbonden aan het Gouverneur Kremers Centrum van het Maastricht Medisch Universitaire Centrum ten behoeve van het Rett Expertisecentrum. Een aanstelling die mogelijk werd gemaakt door Stichting Terre-Rett Syndroom Fonds.

Op welke wijze vruchtbaar gebruik gemaakt kan worden van de kennis uit het vakgebied van de bio-informatica zette dr. Frederieke Ehrhart helder uiteen in een boeiende voordracht onder de titel ‘New insights in Rett syndrome using pathway analysis for transcriptomics data’ op het in 2016 in Wenen georganiseerde internationale congres ter gelegenheid van de herdenking van het belangrijke werk van dr. Rett. Het was vorig jaar 50 jaar geleden dat Andreas Rett in 1966 zijn eerste artikel over meisjes met het later naar hem genoemde syndroom beschreef.

 

Inmiddels is het team dat onderzoek doet onder leiding van Chris Evelo en Leopold Curfs uitgebreid met nog een onderzoeker en wel Nasim Bahram Sangani. Nasim werkte afgelopen twee jaar onder supervisie van prof. dr. John Christoudoulou aan het Rett syndroom (University Sydney - Children’s Hospital Westmead, Kids Research Institute). Haar aanstelling bij het Rett Expertisecentrum Maastricht werd mogelijk gemaakt door Stichting Terre-Rett Syndroom Fonds.

Het onderzoek Bij Rett syndroom wordt in de meeste gevallen een storing gevonden in het systeem, waardoor bepaalde genen, die voor de neurologische en andere ontwikkelingen van belang zijn, correct worden uit- of aangezet. Bij dit aan- en uitzetten van genen speelt het MECP2-eiwit (het product van het bekende MECP2-gen) een centrale rol. Normaal bindt dit MECP2 zich op heel specifieke plaatsen aan het DNA en vormt op die plekken dan een complex met enkele andere bijzondere eiwitten, onder andere het HDAC1. HDAC1 staat voor Histon Deacetylase1, een enzym dat de histonen, de verpakkingseiwitten om het DNA, meer of minder kan los- en openmaken. Vervolgens kunnen de vrijgemaakte genen worden afgelezen en getranscribeerd, zodat op de juiste momenten de genproducten worden gefabriceerd die nodig zijn voor de normale ontwikkeling, zoals de neuronen in de hersenen. Bij patiënten met Rett syndroom hapert dit dus.

Recent is een zusje van het HCDA1 enzym, het HCDA6 gevonden, dat bij Rett syndroom minder actief blijkt te zijn (ge-downreguleerd). Het remmen van het HDAC6-enzym met daarvoor geschikte farmaca kon bij zgn. Rett-muizen een aantal van hun symptomen verbeteren. Dat is natuurlijk razend interessant met het oog op eventuele behandelingen bij patiënten met Rett syndroom, maar hoe dat precies werkt, of en hoe het MECP2-eiwit dat regelt, is helaas nog onbekend. Nasim gaat nu samen met Friederike proberen om met behulp van bio-informatische instrumenten en methoden daarover enige helderheid te krijgen. Uit Encode en BioGrid (dat zijn open toegankelijke enorme databestanden met grote hoeveelheden gegevens over alle tot nu toe bekende interacties van eiwitten, genen, andere moleculaire factoren en processen) proberen zij te herleiden hoe de interacties van voornoemde specifieke factoren bij het Rett syndroom mogelijk verlopen en welke storingen daarin verantwoordelijk zijn voor welke symptomen. Zodoende hopen wij ook nieuwe biomarkers in de moleculaire processen te identificeren die eventueel voor mogelijke geneesmiddelen een aangrijpingspunt zouden kunnen zijn. Wij houden u op de hoogte van de voortgang.

Nasim en Freddie


 Ontwerp & bouwfooter_logo Basisidee | reclame & meer